工程技術學部
物理科學與技術學院（工學部分）
系： 國家級平臺：- 廈門大學國家集成電路產教融合創新平臺
- 微納光電子材料與器件教育部工程研究中心
- 柔性物質研究及應用創新引智基地
- 福建省半導體光電材料及其高效轉換器件協同創新中心
- 福建省半導體材料及應用重點實驗室
- 福建省柔性功能材料重點實驗室
- 福建省低維凝聚態物理高校重點實驗室
- 福建省天體物理與天文儀器高校重點實驗室
- 廈門市光電信息材料與器件工程技術研究中心
- 廈門市柔性功能材料與器件工程技術研究中心
- 廈門大學理論物理與天體物理研究所
- 廈門大學半導體光子學研究中心
- 廈門大學生物仿生及軟物質研究院
- 廈門大學九江研究院
化學化工學院（工學部分）
系：- 化學系
- 化學工程與生物工程系
- 化學生物學系
- 醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室（廈門大學）
- 新能源汽車動力電源技術國家地方聯合工程實驗室(廈門大學)
- 納米材料制備技術國家地方聯合工程研究中心
- 福建省化學生物學重點實驗室
- 福建省理論與計算化學重點實驗室
- 福建省電化學工程技術研究中心
- 福建省納米制備技術工程研究中心
- 福建省新能源汽車動力電池及儲能關鍵材料工程實驗室
- 福建省高?；茉椿瘜W與化工重點實驗室
- 福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室
- 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
- 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
- 廈門市分子納米技術與分析科學重點實驗室
- 廈門市合成生物技術重點實驗室
- 理論化學研究中心
- 納米科技中心
- 化學電源研究中心
信息學院（特色化示范性軟件學院）
系： 教育部批準設立的機構： 福建省批準設立的研究機構：- 海西工業技術研究院通信工程技術中心
- 福建省無線通信接入工程中心
- 智能信息技術福建省高校重點實驗室
- 福建省電子與通信工程實驗教學中心
- 福建省智慧城市感知與計算重點實驗室
- 福建省海西衛星導航定位技術協同創新中心
- 數字福建物聯通信和體系架構安全技術重點實驗室
- 數字福建健康醫療大數據研究所
- 數字福建城市交通大數據研究所
材料學院
系：建筑與土木工程學院
系： 校批機構：- 建筑與土木工程學院教學實驗中心
能源學院
系：- 新能源學系
- 儲能學系
- 能源研究院
- 新能源裝備研究院
- 福建省新能源產業技術開發基地
- 福建省核能工程技術研究中心
- 福建省生物質清潔高值化技術工程研究中心
- 廈門市生物質清潔高值化利用重點實驗室
薩本棟微米納米科學技術研究院
校批機構：- 微機電中心
- 光子學中心
醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室
廈門大學生物仿生及軟物質研究院
航空航天學院
系： 校批機構：石墨烯工程與產業研究院
電子科學與技術學院（國家示范性微電子學院）
系（研究院）： 國家級平臺：- 廈門大學國家集成電路產教融合創新平臺
- 電子信息國家級實驗教學示范中心
- 微納光電子材料與器件教育部工程研究中心
- 福建省半導體照明工程技術研究中心
- 福建省集成電路設計工程技術研究中心
- 福建省電子設計自動化工程研究中心
- 福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室
- 福建省LED照明與顯示行業技術開發基地
- 福建省光電照明與顯示企業服務型制造公共服務平臺
- 集成電路設計與測試分析福建省高校重點實驗室
- 電磁波科學與探測技術福建省高校重點實驗室
- 廈門市面向集成電路的多物理計算重點實驗室