社會科學學部
經濟學院
系： 教育部批準設立的研究機構： 國家級示范中心： 國家級虛擬仿真實驗教學中心： 省、市共建研究機構：- 福建經濟研究中心 （省校共建）
- 廈門大學人口研究所
- 廈門大學國民經濟與核算研究所
- 廈門大學財政科學研究所
- 廈門大學金融研究所
- 廈門大學社會主義經濟制度研究中心
- 廈門大學特區研究所
- 廈門大學公共財政研究中心
- 廈門大學社會經濟統計研究中心
- 廈門大學證券研究中心
- 廈門大學澳大利亞研究中心
- 廈門大學WTO研究中心
- 廈門大學評估研究中心
- 廈門大學興業銀行金融創新研究中心
- 廈門大學勞動經濟研究中心
- 廈門大學康乃爾合作中心
- 廈門大學中國能源經濟研究中心
- 廈門大學世界經濟研究中心
- 廈門大學水科技與政策研究中心
王亞南經濟研究院
教育部重點實驗室： 國家級虛擬仿真實驗教學中心： 福建省重點實驗室： 校批機構：- 計量經濟學研究中心
- 金融研究中心
- 中國勞動經濟學與社會保障研究中心
- 中國宏觀經濟研究中心
- 政治經濟學研究中心
- 現代統計學研究中心
- SAS計量經濟學合作中心
- 實驗經濟金融實驗室
管理學院
系（或相當于系的實體機構）：- 會計學系
- 管理科學系
- 旅游與酒店管理系
- 工商管理教育中心（MBA中心）
- 高級經理教育中心（EMBA項目）
- 廈門大學與廈門國家會計學院會計碩士專業學位聯合教育中心
- 物流與項目管理工程碩士教育中心
- 財務學系
- 人力資源研究所
- 現代管理科學研究所
- 會計研究所
- 管理學院教學實驗中心
財務管理與會計研究院
法學院
與司法部共建的基地：- 司法部廈門大學現代公共法律服務理論研究與人才培訓基地
- 廈門大學福建省地方立法研究與咨詢服務基地
- 廈門大學財稅金融法治研究中心
- 廈門大學國際經濟法研究中心
- 廈門大學立法研究中心
- 廈門大學國家和社會治理法治化研究中心
- 廈門大學黨內法規研究中心
- 廈門大學國際經濟法研究所
- 廈門大學經濟法研究中心
- 廈門大學國際稅法與比較稅制研究中心
- 廈門大學經濟犯罪研究中心
- 廈門大學現代法律服務研究中心
- 廈門大學社會治理與軟法研究中心
廈門大學知識產權研究院
廈門國際法高等研究院
公共事務學院
系（或相當于系的實體機構）：- 政治學系
- 公共管理系
- 公共管理教育中心（MPA中心）
- 國家農村社會保險研究中心（勞動與社會保障部委托）
- 婦女/性別研究與培訓基地（全國婦聯共建）
- 福建女性發展研究中心（省校共建）
- 廈門大學政治學與行政學研究所
- 廈門大學公共管理與政策分析研究中心
- 廈門大學社會發展研究中心
- 公共事務學院教學實驗中心
- 廈門大學新西蘭研究中心
公共政策研究院
系（或相當于系的實體機構）：- 人口與生態研究所
- 心理學研究所
- 公共政策與地方治理協同創新中心（“省級2011協同創新中心”）
- 廈門大學公共政策與政府治理研究中心（“福建省文科重點研究基地”）
- 廈門大學公共服務質量研究中心 （“福建省社會科學研究基地”）
- 廈門大學區域發展政策研究所
- 廈門大學社會管理創新研究中心
馬克思主義學院
福建省批準設立的研究機構：國際關系學院/南洋研究院
系（或相當于系的實體機構）：- 國際關系系
- 僑務與外交系
- 廈門大學東盟研究中心
- 廈門大學馬來西亞研究所
- 廈門大學印度尼西亞研究中心
- 廈門大學新加坡研究中心
- 廈門大學“一帶一路”與東南亞研究院
- 廈門大學馬來西亞研究所
教育研究院
教學部：- 教育學公共教學部
- 教師教育部
臺灣研究院
教育部批準設立的研究機構：海峽兩岸發展研究院
體育教學部
校批機構：繼續教育學院
機構：南海研究院
社會與人類學院
系（或相當于系的實體機構）：- 社會學系
- 人類學與民族學系
- 社會工作系
- 人口與生態研究所
- 人類學研究所
- 廈門大學社會發展研究中心
- 旅游人類學研究中心
- 廈門大學文化發展研究院